מבנה היום בכיתה מונטסורית שונה מכיתה רגילה - 
היום מחולק למעגלי למידה שבהם מתרחשת למידה עצמאית של הילד במרחב הכיתתי בעזרת עזרים, תרגילים ואף דפי עבודה, לצד הקניות ושיעורים בתחומי הדעת השונים, המועברים ע"י צוות חינוכי.
במעגל הלמידה הילד עובד באופן עצמאי בהנחיית דף מעקב אותו מכינה המורה, המכיל את התרגילים והמשימות שלו לפי תחומי הדעת אשר למד, כאשר הילד בוחר מה לעשות - איזה תרגיל או דף עבודה לעשות. 
במקביל, ילדים יוצאים ע"פ המערכת להקניות (שיעורים בהרכב מצומצם ע"פ רמה) ולשיעורים.
בהקניות הילד עובר חשיפה לנושא חדש , אבל העמקת הידע מתבצעת בתהליך חקר עצמאי בעזרת תרגילי המדף השונים הנמצאים בכיתה.
הלמידה תמיד תחל מהמוחשי (פיסי, ציורי, חוויתי) ואט אט תעבור למופשט (תיאורטי, כתוב).

בכיתה המונטסורית ההוראה בדרך כלל לא מתקיימת כשיעור ארוך שבו כל הילדים עושים את אותו הדבר באותו הזמן. המורה נותנת הקניות קצרות וברורות, לפעמים לילד אחד, לפעמים לקבוצה קטנה ולפעמים לכל הכיתה. במהלך ההקניה המורה נותנת ידע חדש, מדגימה עבודה עם עזר או פותחת נושא, ולאחר מכן הילדים ממשיכים להתנסות ולעבוד באופן עצמאי. חלק מרכזי ביום הוא מעגל העבודה, זמן רציף שבו הילדים בוחרים משימות מתוך האפשרויות שניתנו להם, מתכננים את העבודה ומתקדמים בקצב שלהם. בזמן הזה הם יכולים לעבוד לבד, בזוג או בקבוצה קטנה, לחזור על פעילות שכבר הכירו או להמשיך לעבודה חדשה. הלמידה מתחילה בדרך כלל בעבודה מוחשית ובהמשך עוברת בהדרגה לחשיבה מופשטת יותר. העזרים בנויים כך שהילדים יכולים לנסות, לבדוק ולתקן את עצמם, בלי להיות תלויים כל הזמן במורה. תפקיד המורה הוא להתבונן, לעקוב אחרי ההתקדמות ולזהות מתי ילד זקוק להקניה חדשה, לחזרה, לעזרה או לאתגר נוסף. הקבוצה הרב גילאית מאפשרת לילדים גם לראות איך אחרים עובדים, לשאול, לעזור זה לזה וללמוד יחד. כך נוצר שילוב בין הוראה מסודרת לבין מקום לבחירה, לעצמאות וסקרנות של כל ילד.

מכיוון שכל ילד מתקדם בקצב שלו, התכנון והמעקב עוזרים לשמור על סדר, רצף ואחריות בתוך הבחירה. בתחילת היום או השבוע הילדים מתכננים, יחד עם המורה בהתאם לגילם, על אילו משימות יעבדו ומה הם רוצים להספיק. במהלך העבודה הם מסמנים בדף המעקב או ביומן העבודה מה עשו, מה סיימו ולאילו משימות יצטרכו לחזור. במקביל, המורה מנהלת מעקב משלה אחר ההקניות שכל ילד קיבל, התרגול שעשה, הנושאים שבהם הוא מתקדם והדברים שבהם הוא עדיין זקוק לעזרה. התיעוד יכול לכלול דפי עבודה, כתיבה במחברת, תמונות, עבודות חקר, פרויקטים ותיק עבודות שמראה את הדרך שהילד עבר ולא רק את התוצאה הסופית. מדי פעם המורה והילד יושבים לשיחה קצרה, מסתכלים יחד על ההתקדמות וחושבים מה יהיה השלב הבא. בכיתות הצעירות המורה נותנת יותר עזרה בתכנון ובמעקב, ובהמשך הילדים לוקחים על כך יותר אחריות. המטרה אינה להעמיס בטפסים או לבדוק כל פעולה, אלא לעזור לילדים להבין איפה הם נמצאים, לראות את ההתקדמות שלהם ולדעת איך להמשיך.